Založení cisterciáckého kláštera inicioval r. 1205 moravský markrabě Vladislav Jindřich. Stavba vyrostla na místě, které mělo symbolizovat návaznost na r. 863. Tehdy na Velkou Moravu přišli věrozvěsti Konstantin a Metoděj. Právě Metoděj na Velehradě pravděpodobně pokřtil prvního českého knížete Bořivoje a také tu zemřel. Klášter se brzy počítal mezi nejbohatší v zemi. Současnou barokní podobu získal r. 1735. V r. 1928 povýšil papež Pius XI. klášterní kostel na baziliku minor.